กรดไขมัน (fatty acid) และกลีเซอรอล (glycerol) ที่ได้จากการย่อยลิพิด (Lipid) เมื่อลำเลียงเข้าสู่เซลล์กรดไขมันจะถูกเปลี่ยนเป็นแอซิทิลโคเอนไซม์ เอ (acetyl CoA) โดยกระบวนการเบต้าออกซิเดชัน (β-oxidation) แล้วนำเข้าสู่วัฏจักรเครบส์ ส่วนกลีเซอรอลจะถูกเปลี่ยนเป็น glyceraldehyde-3-phoshate (PGAL) และเข้าสู่วิถีไกลโคลิซิสต่อไป

สำหรับการสลายกรดอะมิโนทั้ง 20 ชนิด สามารถถูกออกซิไดซ์ไปเป็นโมเลกุล 7 ชนิด คือ ไพรูเวต (pyruvate) อะเซทิลโคเอนไซม์ เอ (acetyl CoA) แอลฟา-คีโตกลูทาเรต (alpha-ketoglutarate) ซัคซินิลโคเอนไซม์ เอ (succinyl CoA) ฟูมาเรต (fumarate) และออกซาโลอะซิเตท (oxaloacetate) โดยสารเหล่านี้ต่างเป็นสารตัวกลางในวัฏจักรเครบส์ (ภาพที่ 9) 

กรดอะมิโนที่สลายไปเป็น acetyl CoA เรียกว่ากรดอะมิโนคีโตเจนิก (Ketogenic) ส่วนกรดอะมิโนที่สลายไปเป็น pyruvate, alpha-ketoglutarate, succinyl CoA, และ oxaloacetate เรียกว่ากรดอะมิโนกลูโคเจนิก (Glucogenic)

ก่อนที่กรดอะมิโนจะเปลี่ยนเป็นสารประกอบตัวใด จะต้องกำจัดหมู่อะมิโน (-NH₂) ออกจากโมเลกุลก่อนด้วยกระบวนการที่เรียกว่า deamination  ส่วนหมู่อะมิโนที่หลุดออกมาจะเป็นพิษกับเซลล์ จึงต้องกำจัดออกไปในรูปของยูเรียหรือกรดยูริก