หน้าที่ของกระทรวงสาธารณสุข มีดังนี้

1.1 กลุ่มภารกิจด้านพัฒนาการแพทย์ มีภารกิจเกี่ยวกับการพัฒนาด้านวิชาการ ด้านการบำบัดรักษาและฟื้นฟูสมรรถภาพ โดยการศึกษาวิจัย พัฒนา และถ่ายทอดองค์ความรู้และเทคโนโลยี การบำบัดรักษาและฟื้นฟูสมรรถภาพ ตลอดจนการจัดระบบความรู้และสร้างองค์ความรู้ มาตรฐานการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือก มีหน่วยงานที่รับผิดชอบ ได้แก่ กรมการแพทย์ กรมพัฒนาการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือก และกรมสุขภาพจิต

1.2 กลุ่มภารกิจด้านพัฒนาการสาธารณสุข มีภารกิจเกี่ยวกับการพัฒนาวิชาการด้านการส่งเสริมสุขภาพ การควบคุมและป้องกันโรค โดยการศึกษา วิจัย พัฒนา และถ่ายทอดองค์ความรู้และเทคโนโลยีการส่งเสริมสุขภาพ การควบคุมโรค มีหน่วยงานที่รับผิดชอบ ได้แก่ กรมควบคุมโรค และกามอนามัย

1.3 กลุ่มภารกิจด้านสนับสนุนบริการสุขภาพ มีภารกิจเกี่ยวกับการสนับสนุนการดำเนินงานของหน่วยบริการสุขภาพ โดยพัฒนาระบบและกลวิธีที่เอื้อต่อการจัดบริการสุขภาพ ระบบสุขภาพของประชาชนและคุ้มครองผู้บริโภคด้านบริการสุขภาพและด้านผลิตภัณฑ์ มีหน่วยงานที่รับผิดชอบ ได้แก่ กรมสนับสนุนบริการสาธารณสุข กรมวิทยาศาสตร์การแพทย์ และสำนักงานคณะกรรมการอาหารและยา

หน่วยงานใหญ่ 

1. สำนักงานรัฐมนตรี 
2. สำนักงานปลัดกระทรวง
3. กรมการแพทย์
4. กรมควบคุมโรค
5. กรมพัฒนาการแพทย์แผนไทย และการแพทย์ทางเลือก
6. กรมวิทยาศาสตร์การแพทย์
7. กรมสนับสนุนบริการสาธารณสุข
8. กรมสุขภาพจิต
9. กรมอนามัย
10. สำนักงานคณะกรรมการอาหารและยา